西暦3005年。7世紀ぶりに火星への有人飛行を成し遂げた人類。水も酸素もない廃墟と化したかつての入植地において、宇宙飛行士達は1人の女性を発見する。その後、帰還中に探査船は地球周回軌道上で大破。発見された乗組員の遺体は未知のウイルスN5Sに冒されたまま、軌道上を漂い地上に胞子を撒き散らしていた。半年後の地球。ドローン禍と呼ばれるバイオハザードで混乱する洋上の人工島9JOに、合成人間・庚造一が送り込まれる。彼は幸先良くN5Sウイルスに適応した少女イオン・グリーンを発見するが、その矢先に対立するCEUに彼女を拉致される。彼がイオンを追ううちに、CEUの上位機関DRFの企てる陰謀が進行してゆく…。